De algemene vergadering is bevoegd voor de dossiers betreffende de federale Staat, het Brussels Hoofdstedelijk Gewest en de Gemeenschappelijke Gemeenschapscommissie, de Duitstalige Gemeenschap, de openbare instellingen die ervan afhangen, alsook voor de interpretatie van de Europese en de federale regelgeving.
De Nederlandse kamer is exclusief bevoegd voor de dossiers betreffende de Vlaamse Gemeenschap, het Vlaams Gewest, de openbare instellingen die ervan afhangen en de Vlaamse provincies.
De Franse kamer is exclusief bevoegd voor de dossiers betreffende de Franse Gemeenschap, de Franse Gemeenschapscommissie, het Waals Gewest, de openbare instellingen die ervan afhangen en de Waalse provincies.
Administratieve diensten
De diensten van het Rekenhof zijn onderverdeeld in drie sectoren die samen tien directies omvatten. Die worden elk geleid door een eerste-auditeur-directeur.
Sector I is een ondersteunende sector. Hij bestaat uit de directie Coördinatie en Studies, die ook de griffie omvat, en de directie Algemene Zaken.
Sectoren II (federaal) en III (gemeenschappen en gewesten) zijn operationele sectoren. Ze zijn samengesteld uit directies die tot de financiële of tot de thematische pijler behoren.
De financiële pijler onderzoekt de begroting, verricht financiële audits en controleert de rekeningen van de overheidsdiensten en rekenplichtigen.
De thematische pijler verricht de audits naar de wettigheid en regelmatigheid van de verrichtingen en de procedures, alsook naar de goede besteding van de overheidsgelden om de doelmatigheid, doeltreffendheid en zuinigheid van een dienst, een proces of een beleid te meten.
De indeling in sectoren sluit aan bij de bevoegdheden van de algemene vergadering, de Nederlandse kamer en de Franse kamer.
Human resources
Het Rekenhof benoemt en ontslaat zijn personeelsleden. Het bepaalt, onder toezicht van het Bureau van de Kamer van Volksvertegenwoordigers, de personeelsformatie, het statuut en de wedden van het personeel. Het neemt zijn personeelsleden in dienst door middel van vergelijkende examens.
Het Rekenhof heeft ongeveer 500 personen in dienst, gelijkmatig verdeeld over Nederlandstaligen en Franstaligen. De meesten oefenen de functie van auditeur of controleur uit.
