La Cour des comptes a examiné la gestion des données de santé par Sciensano, notamment lors de la crise de la covid-19, ainsi que le cadre institutionnel de ses activités. L’importante fragmentation des compétences en matière de santé nuit à une gestion globale des activités et des financements de Sciensano. La plate-forme Healthdata.be, gérée par Sciensano, n’a que partiellement permis de centraliser les données de santé et de diminuer la charge de travail des fournisseurs de données. Les activités de cette plate-forme devraient aussi être mieux encadrées. La crise de la covid-19 a également mis en lumière l’importance de renforcer et de pérenniser les infrastructures de surveillance et de collecte nécessaires à la maîtrise des risques sanitaires et à l'identification de futures menaces pour la santé publique. Enfin, l'accessibilité aux chercheurs des données et statistiques relatives à la santé reste un enjeu important, insuffisamment pris en compte dans les textes législatifs, réglementaires et contractuels qui encadrent les collectes de Sciensano. D'autres freins à une meilleure accessibilité de ces données subsistent également, dont l’absence de reconnaissance en tant que statistiques publiques.